チャレンジステージ
チャレンジステージは2週目以降に解禁されるおまけステージで、各ユニットの専用装備が手に入る。
インターミッションのチャレンジステージから選択することができる。
アイテムを持ち込むことができないため注意。
ステージをクリアすると、次のチャレンジステージが解放される仕組みになっている。
チャレンジ01 『太古の機神兵』
勝利・敗北条件
勝利条件：太古の機神兵を倒せ！
勝利条件：？？？？？？？？を倒す
敗北条件：味方の全滅
アイテム
ディストピア（敵）
白の機密下着（敵）
3ターン経過すると夜が明けて、敵のステータスが上昇する。
射程2以上の位置から攻撃すれば反撃を受けないが、HPカウンターを持っているため注意。
KOSMOS＆フィオルン専用装備：ディストピア、白の機密下着
チャレンジ02 『電脳の迷宮』
勝利・敗北条件
勝利条件：30ラウンド終了までに最奥に待ち構えるイレギュラーを倒せ！
勝利条件：シグマを倒す
敗北条件：30ラウンドが経過する
敗北条件：味方の全滅
アイテム
回復錠改（宝箱）
勝負下着（極上）（宝箱）
りんご（宝箱）
有栖正護のジャケット（宝箱）
ライドチェイサー（宝箱）
チョコレート（宝箱）
回復錠*3（柱）
回復錠改（柱）
油揚げパフェ*2（柱）
ハイパーチップ（敵）
1ユニットしか出撃させることができないため、回復スキル持ちを選ぶと良い。
道中にいるVAVAはシグマよりも強力。
DEFが異常に高いため、レベルが低い内はまともにダメージを与えられない。
VAVA撃破報酬があるかどうかは未確認。
零児＆小牟専用装備：有栖正護のジャケット、勝負下着（極上）
エックス＆ゼロ専用装備：ライドチェイサー、ハイパーチップ
チャレンジ03 『第一相』
勝利・敗北条件
勝利条件：第一相を倒せ！
勝利条件：敵の全滅
敗北条件：味方の全滅
アイテム
ベリオールの服（宝箱）
りんご（宝箱）
アーンスランド当主の指輪（宝箱）
アウラのケープ（敵）
万死ヲ刻ム影（敵）
AIDA<Anna>を吸収するたびにスケィスが強化されていくので、AIDA<Anna>の処理は早めに。
場にいる敵を全て倒したターン終了時に敵増援*2。
デミトリ＆モリガン専用装備：ベリオールの服、アースランド当主の指輪
カイト＆ハセヲ専用装備：アウラのケープと万死ヲ刻ム影
チャレンジ04 『決起し続ける者』
勝利・敗北条件
勝利条件：ウスタナク率いるゾンビ軍団を倒せ！
勝利条件：敵の全滅
敗北条件：味方の全滅
アイテム
応龍銃（宝箱）
蘇生の秘薬（宝箱）
アサガオ特製腹巻（宝箱）
寄生生物ネメシス（敵）
S.T.A.R.S.用ジャケット（敵）
ウスタナクを倒すと敵増援*4。
桐生＆真島専用装備：応龍銃、アサガオ特製腹巻
クリス＆ジル専用装備：S.T.A.R.S.用ジャケット、寄生生物ネメシス
チャレンジ05 『暴走召喚』
勝利・敗北条件
勝利条件：喚起の門から現れる強敵を全て倒せ！
勝利条件：敵の全滅
敗北条件：味方の全滅
アイテム
回復錠改*2（クリスタル）
無の道着（宝箱）
天使の加護（宝箱）
デビルスター（宝箱）
中国四千年の奇跡（宝箱）
イチゴキャンディ（宝箱）
大きな数珠（敵）
デビル因子の覚醒（敵）
伝説のチャイナ服（敵）
ターン経過、または敵を一定数撃破で敵増援*9
春麗＆シャオユウ専用装備：中国四千年の奇跡、伝説のチャイナ服
リュウ＆ケン専用装備：無の道着、大きな数珠
仁＆カズヤ専用装備：デビル因子の覚醒、天使の加護
チャレンジ06 『檻の中の手強い面々』
勝利・敗北条件
勝利条件：味方同士連携し、手強い面々を倒せ！
勝利条件：敵の全滅
敗北条件：味方の全滅
アイテム
スタミナンロイヤル（宝箱）
デビルスター（宝箱）
蘇生の秘薬（宝箱）
神剣ファルシオン（宝箱）
炎の台座（宝箱）
ゼニスの騎士の力（宝箱）
チョイポリスーツ（宝箱）
イチゴキャンディ（宝箱）
クロム＆ルキナ専用装備：神剣ファルシオン、炎の台座
ゼファー＆ヴァシュロン専用装備：ゼニスの騎士の力、チョイポリスーツ
チャレンジ07 『NINJA NINJA NINJA』
勝利・敗北条件
勝利条件：サイバネティック忍を倒せ！
敗北条件：味方の全滅
アイテム
回復錠S*2（宝箱）
アクジキドライブ（宝箱）
葉隠のかたびら（宝箱）
八極秘伝宝刀（宝箱）
覚醒した悪食（敵）
アキラ＆影丸専用装備：葉隠のかたびら、八極秘伝宝刀
飛竜＆秀真専用装備：覚醒した悪食、アクジキドライブ
チャレンジ08 『真っ赤にたぎる遊びの血』
勝利・敗北条件
勝利条件：遊びの軍団を倒せ！
勝利条件：敵の全滅
敗北条件：味方の全滅
アイテム
油揚げパフェ（宝箱）
蘇生の秘薬（宝箱）
妖刀オニビカリ（宝箱）
エリカ覚醒（宝箱）
下町の希望2/2（宝箱）
チョコレート（宝箱）
覚醒レッド・サン（敵）
双武（敵）
五輪の書（敵）
ユーリ＆フレン専用装備：妖刀オニビカリ、下町の希望2/2
大神＆エリカ専用装備：双武、エリカ覚醒
さくら＆ジェミニ専用装備：覚醒レッド・サン、五輪の書
チャレンジ09 『九番目の九つの試練』
勝利・敗北条件
勝利条件：25ラウンド終了までに九つの試練を突破せよ！
勝利条件：敵の全滅
敗北条件：25ラウンドが経過する
敗北条件：味方の全滅
アイテム
蘇生の秘薬（宝箱）
ローズジストDX（宝箱）
回復錠改（宝箱）
市長の胸像（宝箱）
天将棘 仙狐（宝箱）
パーフェクトアミュレット（宝箱）
魔剣スパーダ（敵）
ゴッドイーター（敵）
シエル＆ナナ専用装備：天将棘 仙狐、ゴッドイーター
ダンテ＆バージル専用装備：魔剣スパーダ、パーフェクトアミュレット
チャレンジ10 『百の戦い』
勝利・敗北条件
勝利条件：百の戦いを制覇せよ！
勝利条件：敵の全滅
敗北条件：味方の全滅
アイテム
市長の胸像（宝箱）
ジェイドジスト（宝箱）
復活の神薬（宝箱）
裏嶋特製・玉手箱・極（宝箱）
真打・新世界（敵）
