ゲーム全てを通して設定された特殊な条件を満たすことでエンブレムを獲得できる
エンブレムを獲得すると、強力な効果を持つ特別な強化パーツが手に入る
エンブレムはアイアン、ブロンズ、シルバー、ゴールド、プラチナの5種。入手条件はそれぞれ違う。
インターミッションやステージ中にセレクトボタンを押すことで各エンブレムの獲得条件や進行状況を確認可能
通算獲得数にはリンクボーナスで得た分も含まれる。
エンブレム獲得条件
アイアンエンブレム
エースパイロット15名育成
ブロンズエンブレム
個人通算撃墜数120突破（一人でも突破すれば獲得）
シルバーエンブレム
個人通算獲得PP2,000突破（一人でも突破すれば獲得）
ゴールドエンブレム
通算獲得資金1800万突破
プラチナエンブレム
SRポイント55以上獲得（全61ポイント中）
強化パーツ（エンブレム）の効果
戦闘時の入手経験値2倍。精神コマンド「努力」と効果は重複
メインパイロットのSPが毎ターン15ポイント回復
敵撃墜時の入手PPが2倍。他の強化パーツと効果は重複しない
敵撃墜時の入手資金2倍。精神コマンド「幸運」と効果は重複
自軍フェイズ開始時にメインが装備していると所属するチームの1ターン行動回数が+1される。 （前作はメイン・サブどちらがつけていても+1されていた）
