特殊な条件を満たすことで入手できる機体・仲間になるパイロットの一覧。
一部の隠し条件は2周目以降無条件または緩和されるものがある
隠し機体・パイロット
サーペント
ダグザ生存
ボン太くん
アスカとマリ
バイアラン・カスタム
ジュアッグ
クシャトリヤ
ヤクト・ドーガ / クェス
GN-XⅣ / コーラサワー
ifルート限定(シュレード，ジン，ゼウス)
「21話 永遠の円舞曲」の前半マップにて味方増援として登場するカトル、トロワ、カレンの3人それぞれが 五飛に隣接して「説得」する。
同前半マップで、ヒイロと五飛を一騎討ちさせる。ヒイロ以外のキャラで五飛を攻撃させない。
同後半マップ中にて、ヒルデとノイン合わせて敵を5機以上撃墜する
条件を満たすと、21話クリア後のDトレーダーにて200Zチップでサーペントを購入可能。
2周目は前半マップの条件のみで購入可能か
「40話A ラプラスの残骸」クリア後、本来であれば完全離脱するが、条件を満たすと生存
「40話A ラプラスの残骸」クリア後のイベントで、ダグザの死亡を悲しむ会話中、 条件を満たしている場合ダグザが登場する。
40話Aにて、NT-D発動イベント後、バナージでフルフロンタル、ハマーンと戦闘する
40話クリアまでのダグザの撃墜数一定以上（80機）
2周目以降は無条件生存、日本ルート・ミスリルルートでも可。
条件を満たしている状態で42話（両ルート可）をクリアし、宗介の乗り換え用機として加入。 加入の経緯はDトレーダーシナリオで確認可能。
ボン太くんはアーバレストの改造値をそのまま引き継ぐ
両ルート9話のマップ中、ボン太くんが敵を3機以上撃墜
両ルート17話のマップ中、ボン太くんが敵を3機以上撃墜
両ルート42話のマップ中、ボン太くんが敵を3機以上撃墜（ゲイツもボン太くんで撃墜する）
2周目は条件が緩和される？（2周目はゲイツの撃墜は必須ではない）
日本ルート46話「成功率0.0001%」クリア後の選択肢によるルート分岐で、アスカ継続かマリと入れ替えかが決まる
選択肢「EVA3号機の起動実験を行う / 凍結する」の2択。
実験を行うとマリが入れ替え加入、凍結するとアスカ継続。
なお46話の分岐でメリダ島ルートを進んだ場合はマリ固定
特にこだわりがないのであれば、パイロットとしては熱血を修得するマリの方が優秀。アスカは闘志までしか覚えない。
アスカとマリを同時に加入させることは不可能。完全2択。
条件を満たしていると「メリダ島ルート48話 重力の井戸の底で」にて、フォウの搭乗機体としてバイアラン・カスタム。
2周目の場合、46話分岐で日本ルートを通っても、合流時にバイアラン・カスタム加入
46話の分岐で「メリダ島ルート」を選択する
47話Aクリア時点でカミーユ、エマ、ファ、カツの総撃墜数が240以上。 さらに、カミーユの撃墜数が80機以上であること
46話の分岐で「メリダ島へいく」を選択
「メリダ島ルート48話 重力の井戸の底で」にて、ジュアッグを2機以上アムロで撃墜する
なおかつ48話クリアまでに、アムロの撃墜数を80機以上にする
条件を満たすと「メリダ島ルート48話 重力の井戸の底で」クリア後のDトレーダーで入手可能
ルート限定。2周目別ルートでの加入も無し。
「メリダ島ルート 46話 残された時間」クリア後の、クェス、ギュネイ、マリーダ離脱時に クシャトリヤの機体のみ改造費払い戻しされず入手可能。
クシャトリヤはZ系・逆シャア系のモビルスーツパイロットののせかえ機になる。
46話分岐までのマリーダ、ギュネイ、クェスの総撃墜数225以上。、
46話の分岐で「メリダ島へいく」を選択（必須）
条件を満たしている場合、「57話 BEYOND THE TIME」の味方増援として登場
ポイント制、以下の複数のフラグの内いくつかを満たしてポイント一定以上、なおかつ必須条件を満たすこと
2周目は必須条件だけを満たすことで加入
ポイント条件(3ポイント以上必要)
「37話A フィフス・ルナ攻防戦」にて、ハサウェイでクェスを"説得"。シャア登場前に説得すること。(+2)
「41話 二つの赤い彗星」にて、ハサウェイが敵を撃墜する(+1)
「46話A 残された時間」にて、ハサウェイでクェスを"説得"(+1)
ifルートを通る(+2)
必須条件
「56話 シャア・アズナブルの真実」にて、ハサウェイでクェスを"説得"。 なおかつ、シャア撃墜前にクェスを撃墜する。
条件を満たしていると「48話A 重力の井戸の底で」クリア後にそのまま加入
「48話A 重力の井戸の底で」のマップ中、コーラサワーが敵を2機以上撃墜
48話Aクリアまでの刹那・ロックオン・ティエリア・アレルヤ・スメラギの総撃墜数350以上
2周目無条件加入。2周目の場合46話分岐で日本ルートを通っても合流時に加入を確認。
49話クリア後の隠し分岐であるifルート（"シナリオ隠し要素"）では、 ルート限定で下記のメンバーが無条件で加入する
シュレード（アクエリオンEVOLパイロット） 生存
本来完全離脱のシュレードが「ifルート50話 ephemera」に進むことで継続加入
ジン（アクエリオンEVOLパイロット）
「ifルート54話 光の闘神Z」クリア後に加入
ゼウス神 / ゼウス
「ifルート54話 光の闘神Z」クリア後にそのまま加入
