隠し要素に関わる全ての条件・フラグの一覧表
5話
翠の大海原
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北米戦線、波高し
新たなる戦場
6話
漂流者
ジオンの未来
【ギュネイフラグ】ギュネイをカミーユで説得
【ギュネイフラグ】νガンダム(アムロ)でギュネイを撃墜
トウキョウ攻防戦
7話
無類の女帝
オーティス基地攻略戦
厳島の奇跡
【ギュネイフラグ】アムロ・カミーユがそれぞれギュネイと戦闘
9話
戦いの大地
平和への暁
【マリーダフラグ】バナージとマリーダを戦闘させる
【マリーダフラグ】一度戦闘させたあと、その後バナージでマリーダを「説得」
10話
蠍の毒、蝶の毒
赤い彗星の影
【ギュネイフラグ】ギュネイをクェス→シャアの順番で説得する
【ギュネイフラグ】ギュネイ⇔シャア、ギュネイ⇔クェスで戦闘させ、どちらかでギュネイを撃墜する
【マリーダフラグ】マリーダをバナージとクェス両方で説得する
【マリーダフラグ】バナージでマリーダを撃墜する
14話
アルカトラズ大脱走
シモン・ヨーコのチームを特定座標に待機させると強化パーツ「カミナのサングラス」入手。(隠し強化パーツ)
セツコかランドを出撃させ、特定座標に待機させると強化パーツ「スーパーリペアキット」入手。(隠し強化パーツ)
17話
銀河の海
【ランカフラグ】17話の分岐でマクロス・クォータールートを選択
飢える破壊魔
敗走
18話
禁断の惑星
【ランカフラグ】イベント中に選択肢「自分の機体にランカを乗せる or ブレラの機体にランカを乗せる」。 アルト機にランカを乗せ、その後敵を3機撃墜する（特殊な会話が発生）
果てなき破壊の化身
孤影
24話
一筋の光明
【ギュネイフラグ】ギュネイをシャア・クェス・カミーユで説得し、撃墜する
【ギュネイフラグ】クェスで説得時、ハサウェイを出撃させているとさらにポイント加算
25話
特異点の使命
ガロードを出撃させ、特定座標に待機させると強化パーツ「ブースター・高性能レーダー」入手。(隠し強化パーツ)
クリア後のDトレーダーで「ジュアッグ」が販売。無条件。
26話
輝けぼくらの星
深海の秘密
27話
地上に降りた太陽
野望の島
【ランカフラグ】アルトとブレラを戦闘させ、アルトでブレラを撃墜する
28話
闇の兄、光の弟
翠の海の明日
31話
憎しみと悲しみと
クロウを出撃させ、特定座標に待機させると強化パーツ「娘娘名物まぐろマン」入手。(隠し強化パーツ)
33話
黒歴史の闇
ロラン・ガロードのチームを特定座標に待機させると強化パーツ「アンドロメダ焼き・サイキックリアクター」入手。(隠し強化パーツ)
33話クリアまでにクェスとシャアの合計撃墜数100機以上で、クリア後のDトレーダーで「αアジール」が販売
36話
帰ることなき故郷
宇宙の神
【ギュネイフラグ】シャアでギュネイを説得、クェスでギュネイと戦闘
ギュネイフラグのポイント一定以上でヤクト・ドーガ(ギュネイ)加入
世界への挑戦
37話
光の魔神
暗闇のリディ
【マリーダフラグ】バナージとマリーダそれぞれリディと戦闘
【マリーダフラグ】その後バナージかマリーダどちらかでリディを撃墜する
神への誘い
38話
永遠の戦士
ハマーンのためらい
幻影
39話
受け継がれる牙
想いと力の向かう先
【マリーダフラグ】バナージ、マリーダでそれぞれリディと戦闘し、どちらかでリディを撃墜する
【マリーダフラグ】その後デストロイモード化したリディとバナージを再度戦闘させ、バナージで撃墜する
歪む因果
40話
光と闇の向こうに
ギュネイフラグのポイント一定以上でヤクト・ドーガ(ギュネイ)加入。宇宙ルートを選んだ時よりもギュネイフラグのポイントが多く必要
赤い彗星の未来
迫るクロス・オブ・ワールド
41話
ずっと、スタンド・バイ・ミー
【ベックフラグ】ロジャー（ビッグオー）を出撃させ、ベック（ベック・ビクトリー・デラックス）を「説得」。その後、ロジャーでベックを撃墜する
44話
宿命を越えて
【マリーダフラグ】バナージのチームでバンシィと戦闘し撃墜する。 その後バンシィがデストロイモードになったあと、再度バナージのチームで戦闘・撃墜する。
マリーダフラグのポイント一定以上でマリーダ生存。クシャトリヤの武器がパワーアップ。
50話
星の向こうに
50話クリアまでのグラハムの撃墜数、刹那の撃墜数一定以上（エース）
50話中のでのグラハムの撃墜数一定以上
上記条件を満たすとグラハム生存
51話
運命への出航
51話クリアまでの宗介の撃墜数80以上。 なおかつ、宗介・マオ・クルツ・クルーゾーの合計撃墜数150以上で、51話クリア後にボン太くん加入
52話
神に導かれし者
正太郎を特定座標に待機させると強化パーツ「Fボンバーのディスク」入手。(隠し強化パーツ)
崩壊へのスタンピード
53話
歪んだ進化
愛憎のラビリンス
【ランカ選択肢】開始時にランカフラグのポイントが2以上の場合、選択肢が発生。(隠しルート・シナリオ)
54話
閃光！！次元の果て！
愛する翼
バサラを特定座標に待機させると強化パーツ「Fボンバーのディスク」入手。(隠し強化パーツ)
55話
死闘の銀河
41話でベックを説得している場合、ベック・ビクトリー・デラックス（ベック）加入
