システム全般・新要素
戦闘シーン
戦闘シーンでは3DSスパロボシリーズの前作「UX」と同様にフルボイス演出を採用。
アニメーションカットインがさらに進化している。
スキルアイテム
シナリオクリア時や敵撃墜時に「スキルアイテム」を入手できることがある。
スキルアイテムはパイロットに使うことでパイロットをパワーアップさせることのできる消費型アイテムとなっている。
特定のスキルを習得させたり、パラメータを強化することができる。
「スーパーロボット大戦UX」にあったスキルパーツシステムとほぼ同様。
スパロボシリーズではおなじみの「強化パーツ」の代替システム的なものであるため、
本作品中には「強化パーツ」は登場しないものと思われる。
原作システム
他のスパロボシリーズ同様に、各機体には原作の設定を再現するような固有システムが搭載されている。
ナデシコに登場するエステバリス系の機体が、ナデシコの重力波ビーム範囲内で
毎ターンエネルギー全回復するものなどが挙げられる。
特殊行動コマンド
「スーパーロボット大戦UX」や他のスパロボシリーズにもある「特殊行動コマンド」は今作でも健在。
MAP兵器に近いもので、機体によって効果は多彩。
移動・攻撃などと同様にコマンドとして特定の機体が使用できるもので、
周囲の敵の命中率・回避率を低下させたり、周囲の味方を全回復させるものなどがある。
使用するにはENを消費したり、気力一定以上などの条件がある。
戦術指揮システム
インターミッション画面で「戦術指揮」を持ついずれかのキャラを指揮官として設定することで、
戦闘マップ中その指揮官の持つ「戦術指揮」の効果を得ることができる。
詳細は"戦術指揮について"参照。